1978年贡山县人民检察院恢复重建后，并先后成立了检察委员会和刑事检察科、经济检察科、法纪检察科、监所检察、控告申诉等业务办公机构。1991年成立反贪贿赂局，经济检察科归反贪局。1995年县检察院由一局二室四科构成，即反贪局、办公室、税务检察室、侦察监督科、审判监督科、法纪检察科、监所检察科；2000年成立民事行政检察科。2002年10月，贡山县委批准县检察院“三定”方案，设立9个内设机构，即办公室、政工科、反贪污贿赂局、渎职侵权检察科、侦查监督科、公诉科、监所检察科、民事行政检察科、检察技术科，核定政法专项编制19名，领导职数正科级5名、副科级9名，配备检察长一名、副检察长两名。后经不断内设机构增加和升格，2011年4月贡山县委批准县检察院“三定”方案，设立15个内设机构，即办公室、政工科、反贪污贿赂局、侦查监督科、公诉科、监所检察科、民事行政检察科、检察技术科，职务犯暃预防科、反渎职侵权局、控告申诉检察科、检察委员会办公室、法警大队、人民监督员办公室、环境资源检察科，核定政法专项编制27名，领导职数正科级7名、副科级19名，配备检察长一名、副检察长三名。在随后的内设机构改革中，县检察院机构和编制不断增加，至2016年机构编制上划后，县检察院设有内设机构17名，领导职数副处级1名、正科级7名、副科级16名。2018年大部制改革和监察体制改革后，县检察院设有内设机构5个和1个派驻乡镇检察室，有政法专项编制21名，分别为：侦查监督部（行使侦查监督科工作职能）、公诉部（行使公诉科科工作职能）、检察监督部（整合刑事执行局、控告申诉检察科、民事行政检察科、环境资源检察科工作职能）、案件管理部（整合案件管理办公室、检察委员会办公室、人民监督员办公室工作职能）、检察务管理部（整合政工科、办公室、司法警察大队、检察技术科工作职能）和派驻独龙江检察室。2018年1月，反贪污贿赂局、反渎职侵权局、职务犯罪预防科整体带编制转隶贡山县监察委委会。2019年根据《中共云南省委机构编制委员会办公室关于基层人民检察院内设机构调整方案的批复》（云编办〔2019〕12号），《云南省基层人民检察院内设机构职责指导意见（试行）》，我院内设机构将设置为3+1模式，即分为第一检察部、第二检察部、第三检察部和检务管理部。